2013年南科大继续沿用基于高考的综合评价录取模式，在全国14个省份共招收新生388人，其中男生282人，女生106人。广东省共招收了45名学生，深圳有23人，至此在校生人数将达到616人。
录取的388名2013级新生的高考成绩平均超出各省一本分数线75分，能力测试成绩平均分为85.62分，表现为“双优”。今年陕西、江西、辽宁、河北、浙江、江苏6个省份虽是首次招生但表现不俗，生源质量好，学生素质高。
据了解，农村考生占到了新生人数的22.4%，较去年有大幅提升。2013年录取的388名新生中，农村考生共87人。这是因为南科大的自主能力测试不考知识考能力，侧重考察学生的记忆力、想象力、注意力、洞察力和批判思维等创新潜质。把这些素质作为录取依据之一，既有利于创新人才的选拔，又有利于教育资源不均衡的农村和非重点中学的优秀学生脱颖而出，并带动中小学重视培养学生的创新素质。