另据中控集团一位高管回忆，几年后，一次出差北京的途中，褚健一闪念想出了企业的中文品牌“中控”，取自“中国自动化控制”，褚健觉得这个名字非常好，足以承载他要做中国最好的自动化控制系统的愿望。1997年，褚健将公司改名，新公司名为浙大中控自动化公司。
中控一位高管介绍，大约在1998年前后，中控先是和浙江大学另外两家校办企业浙大半导体、浙大快威科技合并，打包成立浙江浙大海纳科技股份有限公司(下称浙江海纳)上市。由于种种原因，2002年前后，中控、快威又先后从浙大海纳剥离。
褚健在他的自辩材料中也提及了这段历史。他称，公司被纳入上市，原有骨干人员流失，产品研发及市场营销受到影响，并且产学研合作的平台不再有。在此背景下，褚健和浙大工业自动化工程研究中心时任主任孙优贤，商量创办一个以软件为主业的产学研公司，即1999年3月成立的浙江中控软件有限公司(后更名为中控科技)。
上述中控高管介绍，褚健引入风投以2950万的代价，将自己一手创办的中控从浙大“赎出”，中控从浙江大学的校企，变成民企。
据了解，中控这次“单飞”后来争议巨大，并构成了检方指控褚健涉嫌犯罪的主要事实。
褚健在自辩材料中强调，中控离开浙江大学不是他的本意，而是“根据浙江大学党委会和校长办公会议纪要、学校产业处的意见，以及浙大企业集团和浙大海纳高层的决定。”
浙江大学出具的一份说明证实了褚健的说法，这份说明提及：浙江海纳当时的三块业务分属不同行业，管理难度大，而开发资源不够，学校有关会议作出逐步收缩战线、集中精力发展半导体业务的决定，将其持有的海纳中控股权转让。
掏空浙大?
根据检方指控，中控从浙大海纳退出过程中，褚健利用担任浙大工程中心副主任，海纳中控公司董事、总经理，科研项目负责人等职务便利，通过低价转让股权等手段侵吞、骗取公款，共计6579万余元。
检方指控的具体事实由三次股权转让构成。其一，时任海纳中控公司董事、总经理的褚健，决定将海纳中控持有的中控技术股权低价转让给其实际所有的中控科技。2002年7月9日，两家公司签订股权转让协议，海纳中控按照1∶1.2的价格，将其所持股权以360万元的价格转让。
其二，海纳中控将其持有的浙大中控自动化仪表有限公司40%的股权，按照1∶5.33的价格、以213.2万元转让给中控科技。
其三，褚健实际所有的中控科技公司，同浙大工程中心达成股权转让协议，后者以300万元低价将其持有的股权转让给中控科技。
中控集团向新京报记者出具了上述三项转让证据，包括海纳中控的董事会决议、浙江大学国有资产管理办公室等单位的文书等。不过，依据1991年施行的国有资产评估管理办法及其细则，超过100万元的国有资产转让应当进行评估，这三起股权转让并没有经过此环节。
检方据此认为褚健“通过低价转让股权等手段侵吞、骗取公款”、涉嫌贪污罪。公诉方指控称，经鉴定，上述三项转让的股权在价格鉴定基准日(2003年1月22日)的价格分别为2619.23万元、519.24万元和2619.23万元。
检方鉴定价格与实际转让价格相差悬殊，这是此前有媒体在报道中，提及褚健“涉嫌掏空浙大”的由来。
不过，褚健一方对检方的价格鉴定方法提出质疑。 律师周泽称，检方此次价格鉴定中采用的收益鉴定法——按照当下中控的股权价值，推算当年股权的收益。
周泽说，按照检方指控的逻辑，中控办得越成功，褚健的“罪”就越大;“假如中控破产倒闭了，是不是褚健就无罪了?”
周泽告诉新京报记者，他准备为褚健做无罪辩护。因为相关股权转让经过了公司董事会及学校相关部门批准，合法合规。至于没有经过国有资产评估，责任也不在褚健，因为他是受让方。而且从当时浙大转让其下属公司股权的实例来看，多数均未经过国有资产评估程序。
科研经费是非
贪污科研项目经费是检方对褚健涉嫌犯罪的另外一项重要指控。
检方指控，褚健利用浙大工程中心副主任、浙大先进控制研究所所长身份和项目负责人的职务便利，涉嫌贪污科研项目人工费和涉嫌贪污科研项目经费1400余万元，涉及国家科技攻关计划项目。
检方称，在由褚健负责的“SUPCON系列产品示范工程”项目中，该项目获得中央财政投资2000万元，褚健涉嫌侵吞900万元转入中控科技，中控公司用于炒股、炒基金，并从中获利。涉嫌以浙大先进控制研究所所长和课题组负责人的职务便利，提取课题组人工费146万元。
而在褚健作为项目负责人的国家科技攻关项目，“基于多种现场总线的分布式网络控制系统”中，检方指控，褚健同样利用担任浙大先进控制研究所所长和课题组负责人的职务便利，将国家拨款中的240万元转拨至中控科技。其后，褚健提取课题组人工费99万元，“用于个人向中控科技公司增资”。
除了涉嫌贪污科研项目经费、人工费外，检方指控褚健还涉嫌挪用公款罪、职务侵占罪、挪用资金罪等。其中，检方指控称，1999年9月22日，褚健“个人决定”将1750万公款，转入中控科技公司股票账户用于申购新股，谋取个人利益。
褚健对上述指控均不认可。关于贪污科研项目经费，褚健在自辩材料中指出，以“基于多种现场总线的分布式网络控制系统”为例，这个项目原本直接可由公司牵头，但考虑到为了学科和实验室的名誉和经费利益，加之其当时作为首批长江特聘教授，也需要业绩，故和公司商量后，改由浙大牵头负责，但从申请书即可看出，几乎所有参与人员全是中控的员工，因此，将部分国拨经费划给公司没有问题。
至于被指控的贪污科研人工费，褚健认为，作为课题组研究人员来说，都是按照学校的政策，根据财务处要求履行一定手续，提取人工费及酬金。至于提取后的人工费如何使用，项目负责人享有自主权。
以上对褚健的指控均发生在2004年之前，新京报记者查阅浙大相关文件获悉，为了鼓励科研人员争取更多的科研经费，可从科研经费中提取一定比例的费用，作为项目组人员的津贴和加班费，由项目负责人提取现金并管理使用，俗称“人工费”。具体分配由负责人决定，学校并不制定具体的标准和使用限制。