国家课程是国家教育部规定的统一课程，体现了国家意志，反映了国家教育标准，是专门为未来公民接受基础教育后所要达到的共同素质而设计的课程。它根据不同教育阶段的性质与培养目标，制定各科目课程标准，编写教科书。它是基础教育课程框架的主体部分，对基础教育的质量起着决定性作用。
地方课程是在国家规定的各个教育阶段的课程计划内，由省一级教育行政部门或所授权的教育部门依据当地政治、经济、文化的发展状况及其对学生发展的要求，充分利用地方课程资源而设计的课程。地方课程可以克服国家课程单一，很难全面顾及不同地区教育需求的弊端，是对国家课程的补充；也是学生了解社会，接触社会，关注社会，学会对社会负责，增强社会责任感的有效途径。
校本课程是以学校为基地，以国家及地方制定的课程纲要基本精神为指导，以满足学生需要和体现学校办学理念、特色为目的，在具体实施国家课程和地方课程的前提下，由学校成员自愿、自主、独立或与校外团体、个人合作，利用校内外现有条件和可挖掘的资源而研制的多样性的可供学生选择的课程。校本课程是国家课程计划中不可缺少的组成部分，它充分尊重和满足学校师生的独特性和差异性，特别是能更好地满足学生在国家课程和地方课程中难以满足的那部分发展的需要，对促进学生最大限度的发展起着不可替代的作用；更好地满足教师的职业理想、专业发展、教学风格的多种需要，为教师提高素质提供了机会；更好地满足学校整体发展、凸显特色、弘扬个性的需要，让学校充分利用本校、本社区的教育资源，充分发展学生潜能，全面实现课程的社会职能。
为贯彻落实《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》，适应新时期全面实施素质教育的要求，深化基础教育课程改革，提高教育质量，教育部组织专家对义务教育各学科课程标准进行了修订完善。根据教育部基础教育课程教材专家咨询委员会的咨询意见和教育部基础教育课程教材专家工作委员会的审议结果，经研究，决定正式印发义务教育语文等学科课程标准（2011年版），并于2012年秋季开始执行。
双语初中严格按照课程标准落实和完成国家课程，开足开全，坚持优质高效课堂教学模式，减轻学生课业负担，全面发展和提高学生的综合素质。
1．全面加强学习培训工作。认真组织开展教师和教研人员的全员培训，帮助他们全面理解、深入领会和准确把握修订后课程标准的精神实质和主要变化，切实把课程标准的教育理念和基本要求全面落实到课堂教学中。
2．深入推进教学改革。课程标准是教学的主要依据。要引导广大教师严格依据课程标准组织教学，合理把握教学容量和难度要求，调整教学观念和教学行为，重视激发学生学习的主动性和积极性，控制好课业负担，不断提高教学质量和水平。要充分整合专业资源，建立专家咨询和指导系统，围绕课程标准实施的重点、难点问题开展深入的教学研究和实践探索。
3.积极推进评价考试制度改革。要引导学校进行教学评价改革，强化评价在教学诊断和促进学生发展中的积极作用。要以课程标准为依据确定科学的评价标准，尤其要重视基础知识与基本技能、过程与方法、情感态度和价值观等课程目标的全面落实。改进评价方式和方法，注重过程性评价。严格按照课程标准命题，加强试题与社会实际和学生经验的有机联系，在注重对基础知识和基本技能考查的同时，特别重视对具体情景中综合运用知识分析和解决问题能力以及实践能力的考查。
4.加强课程资源建设。要结合本地区实际，做好课程资源开发利用的整体规划，有机统整学校、社会、网络等方面有益的课程资源，为教师深入开展教学改革创造有利条件。要鼓励和引导教师根据教学实际需要，创造性地开发并合理利用课程资源，不断丰富教学内容，激发教学活力。
5.加强组织领导。全面落实义务教育各学科课程标准是贯彻落实《教育规划纲要》任务要求、深化基础教育课程改革、全面推进素质教育的重要举措，是促进学生健康成长、提高义务教育质量的重要保障，要充分重视，统筹规划，全面做好动员、宣传和培训工作，切实解决好师资、实验仪器设施设备配备等条件保障，确保义务教育各学科课程标准的全面落实
双语初中辅助类课程（校本课程、必修课程）
国学：儒家经典著作《论语》，两周一节。主讲人：语文教师。
汉语阅读鉴赏：每周一节。
汉语朗读背诵：每周一节。
英文朗读背诵：每周一节。
空中英语教室：台湾版英文听说教材，每周一节。
德育校本课程：《深圳清华实验学校使命、愿景、价值观》。养成教育系列主题之一《好习惯好人生》、《决定孩子命运的12个习惯》（清华大学出版社）《安全教育读本》《未成年网络自护手册》《人生规划》《中学生法律读本》《成长足迹》
教学实施：利用每周的班会课学习实践和验收考核。
主讲：班主任。
双语选修课程
美术班：双语初中每个年级有一个整建制的美术班，美术班在完成国家课程外每周开设六节美术课，按照高考美术课程标准设置课程，课程为为色彩、素描、速写。上课地点在艺术楼画室。
美术班培养方向：清华实验学校是清华大学美院的培养基地，为高中和大学培养和输送优秀的美术人才是双语美术班的根本任务。
加拿大班的课程描述以总校描述为准。
加拿大班：双语初中有一个整建制的加拿大班。
培养方向：为中加文化交流培养人才，为国家培养具有中国情怀世界眼光的创新型人才，为国际理解教育培养人才。
射击队
课程：气步枪、气手枪。
训练时间：课外活动、双休日、寒暑假。
训练地点：总校射击馆。
总教练：中国射击队总教练王义夫。
培养方向：清华实验学校是广东省、深圳市的射击训练基地，目前已经获得4个亚洲冠军、20个全国冠军、6个广东省冠军，8个深圳市冠军。获得国家一级运动员证书的有10人。每年都向清华大学、复旦大学、西南大学输送射击特长生。
太极扇
训练时间：课外活动
训练场地：体育馆
教练：罗红
课本剧社
舞蹈队
古筝、葫芦丝
棋类
篮球
书法