◆十二年一贯制清华文化教育
建校之初，学校即被清华大学授予“艺术教育基地”、“科技教育基地”、“体育特长生培养基地”、“美术学院生源基地实验学校”。在十二年一贯制的环境下，学生在宝贵的求学阶段都能受到清华文化的熏陶，接受清华精神的启迪，有利于学校形成鲜明的、自下而上一以贯之的德育主题——在清华怀抱中成长，学生的理想人格、自信心和责任感以清华为标高，被更早地唤醒和激发，学生的文明礼仪、行为习惯以清华人的标准被尽早地规范，清华文化使学生受益终生。
◆追求卓越的现代学校管理
追求卓越的现代学校管理，全面构建现代学校管理框架让我们在行业内率先实现了管理理念与管理体系的升级换代。现代学校管理体系让我们站在学校组织层面的高度，识别学校的核心竞争力和可持续发展因素，通过系统的战略体系、工作系统和工作过程，全面、深入、逻辑地把握学校各个环节的运作，通过对管理成熟度水平的不断追求，实现学校的长期和可持续发展。概而言之，我校追求卓越的现代学校管理具体表现在四方面：以战略驾驭全局，以流程完善细节，以市场凝练方向，以绩效保证效果。
◆多样化课程选择
无与伦比的选择性应该是民办学校创建办学特色的主要切入点。我校以“优质、有特色、选择性强”为战略目标，所谓“选择性强”，指的是学校能够为学生和家长提供的教育与服务选择，包括三个方面，一是出口的选择，学生高中毕业以后有多样化的前途选择，可以选择国内高校，也可以选择出国留学；可以选择高校的一般专业，也可选择特长专业。二是课程的选择，三是服务的选择，例如住宿，学生可以选择走读，也可以选择住校，甚至可以跨学部选择住宿环境，充分满足学生和家长的多样化需求。
在这三个方面中，多样化课程选择在我们的实践中又是重点打磨的一环。在十二年一贯制的环境下，学校为学生提供可以跨学段、跨学科的、跨年级、跨班级的多样化课程，包括国家课程、辅助课程、选修课程、国际课程等。国家课程是“规定动作”，除了开齐上足之外，还尽最大努力追求优质，彰显加工能力。辅助课程主要着眼于学生品德和人格的健康发展，在培育学生的公民意识、宽广视野、人文伦理、健全人格、自主管理等方面有独到的优势，这类课程是“自选动作”，却是我们的主要着力点。选修课程主要着眼于学生的兴趣爱好，这种课程不是我们的专利，但我们有我们的优势，学生人数多，开的兴趣班就越多，有潜质的苗子也越多，点线面结合的特长培养体系就越容易形成，学生未来前途选择的路子就越宽，我们在射击、美术等特长项目上取得的成绩，已经多次印证了这个良性循环。国际课程主要针对我们的海外部学生，包括国际文凭IB课程、A-level等。
主要做法是：扎实基础类课程，落实辅助类课程，丰富选修类课程；国家课程校本化改造；校本活动、校本研究课程化体现；校本课程精品化、规范化实施；抓好衔接配套，确保课程的延续性；抓好教师转型，帮助教师从学科单一型向学科综合型转型；有效引进家长资源、社会资源参与教育教学，扩展课程资源。
◆个性化教育与服务
我们所理解的个性化教育是凸显一个学校加工能力的教育。这种加工不是把一种完全不具备或者是弱势的智能变成一种完全的优势智能，而应该是根据学生的智能基础，顺其天性，顺势而为，让每个学生能够获得与其智能素质相适应的发展，人人有发展，人人可以得到最适合于他的发展，也就是为学生提供“适合的教育”。此外，在民办教育环境下，教育也呈现出一些“消费”的特征，你消费我服务，作为消费主体的对应一方，学校当然应该搞好服务，所以我们在提出“个性化教育”的同时也提出“个性化服务”，合在一起就是“个性化教育与服务”。
主要做法是：以学生入口、教育需求、个体认知、兴趣特长等为原则和依据，将所有学生准确细分，归入不同类型，使教师对每个学生完全做到心中有数，为开展个性化教育与服务、分层教学打好基础。在细分的基础上，以课堂为主，量身定做，个性化分班制和走班制切实解决学生分层问题，个性化课程和教材解决教学内容难易度匹配问题，个性化教师配备、教师评价解决师生磨合度匹配问题，确保教师教好学生有劲头，教基础差的学生也有劲头。
◆点线面结合的特长培养模式
我校的特长教育有一个完整的体系，就是“点线面结合”的特长培养模式。点，指的是重点建设的特长项目和特长班，例如：由奥运冠军王义夫任总教练的射击队，常年配备3名专职教练进行训练；由清华美院教授担纲的高中美术特长班，还有高中音乐特长班、体育特长班、书法特长班等，这些特长班是要冲击高考的，不仅仅是一个个人爱好，这样的“点”，对“面”就有一个导向作用。面，指的是小学初中的各类兴趣班，多以选修课和活动课的形式呈现，选修课程达100多个种类，包括体育类、艺术类、劳技类、学科类等，每个学生被要求至少参加其中的一项，定时间，定地点，定教师。由于小学初中学生多，面广，总是能为“点”上提供一些好苗子。“线”，指的是小学、初中、高中三个学部在从兴趣到特长的培养过程中各自有所侧重所形成的一个完整的链条。以射击队为例，这个链条就是：从小学五六年级学生中发现苗子，进行初期训练；升到初中，进行集中训练，进一步选择淘汰；升到高中，进行强化训练，期间参加全国和省市级竞赛，向高校和专业队输送人才。
这种一条龙衔接的阶梯式的训练模式，能够确保队伍不断层，并保持良性循环，从而在特长项目上做强做大。建校十年来，特长教育有效地改变了高考一条腿走路或者与其他学校同质竞争的局面，大大扩充了学生的成才渠道，已经成为我校的核心竞争力之一。
◆鲜明的实验性
我校名为“实验学校”，清华大学当初创办我校并以“实验”命名，第一是体现了清华办学的严谨：怎样去办清华体制内不太熟悉的民办教育、基础教育，这要实验。第二是体现了清华对于我校在基础教育领域、民办教育领域的示范性方面，有所期待。学校办学的过程，就是一个漫长的“实验”的过程，这与清华真心实意办教育的使命是一脉相承的。
我校的办学历程，处处充满了“实验性”，既是实验也是工作，既是行动也是研究，大到确立培养目标、课程体系、办学特色、管理体系等，小到教师在教育现场遇到的问题，都离不开实验的意识和实验研究的方法，操作变量、选择对照、前测后测，这些经典的实验研究的方法正在被越来越多的教师使用。
实验性总是与示范性联系在一起的。在很多领域，我校的基础性实验研究工作都起到了“示范一方”的作用。例如单亲家庭子女教育问题，我们通过实验，干预家长对子女的教育方式，达到单亲家庭子女健全成长的目的，效果良好，我校是这个有11个学校参加的课题的大协作组组长单位，这个实验课题成为全区的优秀课题。现代学校制度，这是一个长期实验研究的课题，我校成为全市民办学校中唯一的实验学校参与实验，实验研究的一些成果既提升了学校自身的观念和方法，也多次在全国大会上交流，起到了一定的示范作用。卓越绩效管理模式，我们实验了整整三年，已经形成完整系统，影响更大，2011年获区政府质量进步奖，同年获评为“宝安区卓越绩效模式示范学校”。2012年获深圳市市长质量奖（鼓励奖），系深圳市教育系统首家获奖单位。
◆家校合作三位一体的立体德育网络
学校自建校以来，持续深化以“在清华的怀抱中成长”为主题的德育工作，探索并完善学校 “德育主题活动的模式”，形成富有清华特色的德育工作途径与方法，其中“三方联动，和谐育人”的家校三位一体的立体育人网略建设已见成效。我们积极探索并逐步深化学校在家校沟通、与社区合作等方面途径、方法、已有的优势和经验。在实际操作中，学校把以家长委员会、家长讲师团、家长义工团为代表的家长参与学校教育组织丰富多彩的开展起来；把以家长学校、教育大讲坛为代表的家长教育活动坚持下来；把以家长社区师德师风监督员、社区学生文明礼仪监督员为代表的家长、社区与学校合作的模式建立并完善起来。